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Parece provável, como deduziu Pedro da Silveira, que o nome da freguesia dos Cedros possa relacionar-se com alguém vindo da freguesia faialense homónima, até porque numa e noutra existe, por acaso, o topónimo cascalho. E com certeza havia, em ambos estes lugares do povoamento açoriano, uma insólita abundância daquela árvore endémica tão rija e preciosa, insubstituível para a construção civil e militar dos descobridores: o cedro ou cedro do mato, cujo nome científico é juniperus brevifólia.
A Paróquia de N. S. do Pilar dos Cedros é a quinta mais antiga da Ilha das Flores, depois das Lajes, Santa Cruz, Ponta Delgada e Fajãzinha, integrada pelos lugares dos Cedros e da Ponta Ruiva. A 29 de Julho de 1693, a então instituida freguesia contava com 50 fogos e 176 almas, delimitada ao norte pela Ribeira das Barrosas e pela Ribeira da Alagoa ao sul.
Depois da demolição da insegura igreja velha em Setembro de 1945, a primeira pedra da nova Igreja da N. S. do Pilar foi lançada a 22 de Janeiro de 1950, graças às diligências do pároco José Maria Álvares, e o templo recebeu a sua benção oficial a 18 de Junho de 1953.
O Ilhéu Furado e o ancoradouro da Alagoa foi, durante séculos, o único porto natural acessível da Ilha das Flores, quando se registava vento sudoeste forte. Foi também porto de salvamento de várias embarcações e de exportação de laranja: a laranja do vale da Alagoa, exêmplo do sucesso de uma economia extra-periférica, foi exportada directamente para a Inglaterra com navios ingleses e portugueses que a vinham buscar. Realmente, o lugar da Alagoa pode-se considerar um bocado a "alma" dos Cedros, constituindo o seu acesso ao mar e outrora celeiro e pomar da freguesia.
No tempo antigo, muitos cedrenses iam descalços à vila, como os outros, mas traziam consigo sapatos e gravata num saquinho fechado com um cordão, a típica mala de retalhos, para os vestirem nos arredores de Santa Cruz: a antiga distinção da população dos Cedros é confirmada pelo facto de ter sempre tido a mais baixa taxa de analfabetismo das Flores. Figura destacada do ensino na freguesia foi sem dúvida o prof. Fraga, falecido em 1929 nestes Cedros, hoje com cerca de 120 pessoas.